廖明帜
一、个人简介
廖明帜，男，教授/博导，1983年生，国家级青年人才计划入选者、陕西省杰出青年基金获批者。
二、教学
主编科学出版社“十四五”高等教育本科规划教材《生物信息学》。
西北农林科技大学2019年度优秀教师。
指导学生获国家级竞赛奖励3项、发表中科院一区研究论文5篇。
本科生课程：《生物信息学》《基因组学与蛋白质组学》《进化生物学》《Perl语言》《生物信息学编程》《生物信息学实习》《生物信息学实验》《生物信息学综合大实验》。
研究生课程：《生物统计学》《试验设计与数据分析》《生物信息学研究进展》《高级生物信息学》。
三、研究兴趣
生物数据大爆炸的时代，带给研究人员新的发展机遇的同时，也带来了数据处理与分析方面的巨大挑战。为此，本研究团队开展以“动物多组学生物大数据”为特色的信息挖掘工作，主要是利用数学、计算机等理论、方法开展计算系统生物学研究，构建专业数据库平台、开发生物算法软件，挖掘生物大数据背后的潜在信息（包括文本数据、基因组、转录组、蛋白质组、表观基因组、暴露组以及它们相互之间的复杂交互过程），实现从“数据量大”到“信息量大”的转变，以揭示生物学新现象、新标记、新机制、新规律。
本研究团队与动物繁殖发育、人类生殖遗传等应用场景密切结合，聚焦于生物表型性状/疾病形成的复杂基因表达调控机制，采用“前沿交叉、干湿结合”的研究方式，利用人工智能等计算手段，解析生物大数据背后的奥秘和规律。
四、主要学术成果
1. 科研项目：
主持多项国家及省部级项目：包括国家自然科学基金4项（31301938、61772431、62072377、62472360）、陕西省自然科学基金3项（2014JQ3110、2018JM6039、2024JC-JCQN-29）、陕西省人才专项1项（2013-2015）。
2. 论文发表情况：
近年来在PNAS、Advanced Science、Molecular Plant、Journal of Biological Chemistry、Autophagy、Cell Death & Disease、Briefings in Bioinformatics、Bioinformatics、The FASEB Journal、Zoological Research等期刊发表研究论文60余篇。
五、社会兼职
国家自然科学基金函评、会评专家
中国生物信息学学会（筹）多组学与整合生物学专业委员会委员
中国计算机学会生物信息学专业委员会委员
中国人工智能学会生物信息学与人工生命专业委员会委员
陕西省生物信息学会理事
陕西省动物学会理事
多个SCI杂志编辑、审稿人
六、联系方式
通讯地址：陕西杨凌西农路22号 西北农林科技大学生命科学学院
邮编：712100
Email: liaomz@nwsuaf.edu.cn
欢迎有科研热情、对生物信息学感兴趣、追求卓越、坚韧不拔、勇于挑战、善于思考、勤于实践的同学加入本实验室，一起探索未知世界的奥秘，提升自我、共同进步！
（请混学历、经历的同学自动忽略本实验室，您在本实验室可能会比较难受）
附：近5年代表性论文（通讯作者身份）
1. Zhang J, Zhou Y, Yue W, Zhu Z, Wu X, Yu S, Shen Q, Pan Q, Xu W, Zhang R et al: Super-enhancers conserved within placental mammals maintain stem cell pluripotency. Proc Natl Acad Sci U S A 2022, 119(40):e2204716119.
2. Ni Y, Fan L, Wang M, Zhang N, Zuo Y, Liao M: EPI-Mind: Identifying Enhancer-Promoter Interactions Based on Transformer Mechanism. Interdiscip Sci 2022, 14(3):786-794.
3. Liu H, Akhatayeva Z, Pan C, Liao M, Lan X: Comprehensive comparison of two types of algorithm for circRNA detection from short-read RNA-Seq. Bioinformatics 2022.
4. Zhu Z, Wu X, Li Q, Zhang J, Yu S, Shen Q, Zhou Z, Pan Q, Yue W, Qin D et al: Histone demethylase complexes KDM3A and KDM3B cooperate with OCT4/SOX2 to define a pluripotency gene regulatory network. FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology 2021, 35(6):e21664.
5. Yu XW, Li TT, Du XM, Shen QY, Zhang MF, Wei YD, Yang DH, Xu WJ, Chen WB, Bai CL et al: Single-cell RNA sequencing reveals atlas of dairy goat testis cells. Zoological research 2021, 42(4):401-405.
6. Wu XL, Zhu ZS, Xiao X, Zhou Z, Yu S, Shen QY, Zhang JQ, Yue W, Zhang R, He X et al: LIN28A inhibits DUSP family phosphatases and activates MAPK signaling pathway to maintain pluripotency in porcine induced pluripotent stem cells. Zoological research 2021, 42(3):377-388.
7. Li H, Hou J, Chen Z, Zeng J, Ni Y, Li Y, Xiao X, Zhou Y, Zhang N, Long D et al: FifBase: a comprehensive fertility-associated indicators factor database for domestic animals. Briefings in Bioinformatics 2021:1-7.
8. Sun C, Zhang N, Yu P, Wu X, Li Q, Li T, Li H, Xiao X, Shalmani A, Li L et al: Enhancer recognition and prediction during spermatogenesis based on deep convolutional neural networks. Mol Omics 2020, 16(5):455-464.
9. Shen Q, Xiao X, Aierken A, Yue W, Wu X, Liao M, Hua J: The ACE2 expression in Sertoli cells and germ cells may cause male reproductive disorder after SARS-CoV-2 infection. Journal of cellular and molecular medicine 2020, 24(16):9472-9477.
10. Li T, Li Q, Li H, Xiao X, Warraich DA, Zhang N, Chen Z, Hou J, Liu T, Weng X et al: Pig-specific RNA editing during early embryo development revealed by genome-wide comparisons. Febs Open Bio 2020, 10(7):1389-1402.
11. Li Q, Li T, Xiao X, Ahmad DW, Zhang N, Li H, Chen Z, Hou J, Liao M: Specific expression and alternative splicing of mouse genes during spermatogenesis. Molecular Omics 2020, 16(3):258-267.
12. Wang X, Wu X, Zhu Z, Li H, Li T, Li Q, Zhang P, Li L, Che D, Xiao X et al: Landscape of RNA editing reveals new insights into the dynamic gene regulation of spermatogenesis. Cell Cycle 2019, 18(23):3351-3364.
13. Li L, Che D, Wang X, Zhang P, Rahman SU, Zhao J, Yu J, Tao S, Lu H, Liao M: CellSim: a novel software to calculate cell similarity and identify their co-regulation networks. Bmc Bioinformatics 2019, 20:9.
14. Wang X, Zhang P, Li L, Che D, Li T, Li H, Li Q, Jia H, Tao S, Hua J et al: miRNA editing landscape reveals miR-34c regulated spermatogenesis through structure and target change in pig and mouse. Biochemical And Biophysical Research Communications 2018, 502(4):486-492.
15. Wang W, Zhang P, Li L, Chen Z, Bai W, Liu G, Zhang L, Jia H, Li L, Yu Y et al: ATD: a comprehensive bioinformatics resource for deciphering the association of autophagy and diseases. Database-the Journal Of Biological Databases And Curation 2018:10.
16. Che D, Wang Y, Bai W, Li L, Liu G, Zhang L, Zuo Y, Tao S, Hua J, Liao M: Dynamic and modular gene regulatory networks drive the development of gametogenesis. Briefings In Bioinformatics 2017, 18(4):712-721.
17. Bai W, Yang W, Wang W, Wang Y, Liu C, Jiang Q, Hua J, Liao M: GED: a manually curated comprehensive resource for epigenetic modification of gametogenesis. Briefings In Bioinformatics 2017, 18(1):98-104.